In der Gemeinde Werthenstein bestehen folgende ständige Kommissionen:
- Bildungskommission
- Bürgerrechtskommission
- Controllingkommission
- Fachkommission Architektur
- Friedhofskommission
- Kommission für Altersfragen
- Revierkommission
- Urnenbüro
- Wasserversorgungskommission
Die Reglemente / Verordnungen bzw. die Kommissionsbeschriebe sind in der Rechtssammlung zu finden.
Der Gemeinderat hat folgende weitere nicht ständige Kommissionen eingesetzt:
- Fachkommission Entwicklung Wey-Areal
- Ortsplanungskommission
Die Zusammensetzung der Kommissionen mit allen Mitgliedern sind auf der Konstituierungsliste 2025 – 2028 zu finden. Die Mitglieder dieser Kommissionen wählen die Stimmberechtigten alle vier Jahre an der Gemeindeversammlung.