Der Gemeinderat Werthenstein besteht aus fünf Mitgliedern. Er ist unter Vorbehalt der Rechte der Stimmberechtigten das zentrale Führungsorgan und trägt in diesem Rahmen die Gesamtverantwortung für die Gemeinde.
Der Gemeinderat sorgt insbesondere für die demokratische Führung der Gemeinde sowie für eine nachhaltige Finanzierung der Aufgaben und trägt die Verantwortung für rechtsstaatlich und verwaltungstechnisch korrekte Verwaltungsabläufe (Art. 23 GO).